В центре сюжета аниме "Цветы зла" оказывается старшеклассник Такао Касуга, который считает, что его жизнь завершилась три года назад. С тех пор он просто существует, погружённый в мир своих размышлений и страстей. Ранее парень учился в другой школе, где увлечённо читал "Цветы зла" Бодлера и тайно влюблялся в свою одноклассницу — идеальную ученицу и красавицу Нанако.
Однажды, после уроков, когда в классе не осталось никого, Такао заметил, что из шкафчика выпала физкультурная форма Нанако. Поддавшись искушению, он не смог удержаться от того, чтобы прикоснуться к ней. Этот поступок стал поворотным моментом в его жизни: он случайно унес форму с собой, и его действия стали свидетелем одноклассница Сава Накамура. Вместо того чтобы сообщить об инциденте учителям, Сава решает использовать эту ситуацию в своих интересах и начинает шантажировать Такао, заставляя его совершать всё более безумные поступки.
Эта история о внутренней борьбе, юношеских страстях и последствиях необдуманных решений, погружающая зрителя в атмосферу тревоги и неопределенности. "Цветы зла" — это не просто аниме, а глубокая драма о взрослении и поиске себя в сложном мире подростковых эмоций.