В 9784 году по летоисчислению Содружества Систем, ницшеанцы восстали против власти Содружества, стремясь к независимости и созданию своего порядка. Это стало началом войны, способной изменить ход истории. Чтобы остановить врага, на встречу их флоту был отправлен крейсер Звёздной Гвардии Содружества «Созвездие Андромеды» под командованием капитана Дилана Ханта.
Однако это величайшее судно, когда-либо построенное человечеством, оказалось в ловушке ницшеанского флота. Не видя выхода, капитан отдал приказ экипажу эвакуироваться, в то время как сама «Андромеда» вместе с Хантом стала жертвой временной аномалии на границе черной дыры в системе Гефеста. Вскоре Содружество Систем было повержено, а Ницшеанская Империя так и не обрела свою силу. С тех пор вселенная погрузилась в мрак и хаос, известный как «Долгая Ночь».
Прошло 303 года, прежде чем корабль «Эврика Мару», под командованием Беки Валентайн, смог извлечь утраченный крейсер Содружества с орбиты черной дыры. Для всех жителей вселенной эти три века стали вечностью, в то время как для капитана Ханта прошло лишь мгновение. Объединившись с командой «Эврики Мару», капитан Хант начинает сложный и долгий путь к восстановлению Содружества Систем, полон надежды и решимости вернуть утраченные идеалы.
